农学院现有8个本科专业，具有相近的学科基础，均面向农业生产，属于应用性明显的专业。遵循国家“科教兴农”战略方针，以“厚基础、重实践”为总体指导思想，学院总体人才培养目标确定后，各专业根据学科、专业发展情况，以教育部颁布的《普通高等学校本科专业目录》中专业人才培养目标为基准，结合石河子大学人才培养总目标、学院办学定位、人才培养总目标，对用人单的调查反馈意见，经校院专业层面的反复论证，制定各专业的人才培养目标。

农学专业：立足兵团，服务新疆，面向全国，以服务国家和区域经济社会发展为导向，本专业培养具有坚定正确的政治方向，良好的思想道德修养，自觉践行社会主义核心价值观，德、智、体、美、劳全面发展，具备良好的人文社科底蕴与自然科学基础，掌握扎实的农学专业理论和实践技能，在干旱区作物优质高产栽培与耕作、数字农业与精准农业、作物遗传改良等领域具有优势，能胜任与农学有关的教学、科研、技术开发与推广、经营管理等工作，同时具有创新精神和创业能力的高素质应用型、复合型人才。

植物保护专业：立足兵团，服务新疆，面向全国，以服务国家和区域经济社会发展为导向，培养具有坚定正确的政治方向，良好的思想道德修养，自觉践行社会主义核心价值观，德、智、体、美，劳全面发展，具备现代农业生物科学理论，具有扎实的植物保护科学理论基础、基本知识和基本技能，具备初步的研究能力、创新能力和良好的沟通能力，能在科研院所、政府部门、检验检疫、粮食储藏与食品安全、企业及其它相关的部门或单位从事科研教学、农业组织管理、企业管理、技术推广服务等工作的高素质复合应用型人才。

农业资源与环境专业：立足兵团，服务新疆，面向全国，以服务国家和区域经济社会发展为导向，培养具有坚定正确的政治方向，良好的思想道德修养，自觉践行社会主义核心价值观，德、智、体、美、劳全面发展，能够适应国家对干旱区农业资源高效可持续利用的人才需求，掌握土壤学、植物营养学、农业生态环境与保护等方面的基本理论和基本技能；能够进行农业资源与环境质量的定性、定量分析与评价，具备利用信息技术实现对农业资源与环境的开发、利用、保护及退化防治等宏观管理与决策的能力，能够在农业资源管理、环境保护、农业生态、资源遥感等领域从事养分资源管理、生态环境保护和科学研究的富有创新精神和创业能力的复合型专业人才。

园艺专业：立足兵团，服务新疆，面向全国，以服务国家和区域经济社会发展为导向，培养具有坚定正确的政治方向，良好的思想道德修养，自觉践行社会主义核心价值观，德、智、体、美、劳全面发展，适应园艺现代化产业发展的需要；具有较完整的现代生物科学的知识体系，具有较宽厚的园艺基本理论知识和现代化园艺生产技能，掌握园艺学和生物学基础理论，了解现代农业的发展方向、园艺科学发展的动态与趋势，能在果树、蔬菜、观赏园艺、设施园艺及其相关专业领域从事与现代园艺科学有关的教学与科研、技术推广与开发、经营与管理等工作，具有创新精神的高素质复合应用型人才。

林学专业：立足兵团、服务新疆、面向全国，以服务国家和区域经济社会为导向，培养具有坚定正确的政治方向，良好的思想道德修养，自觉践行社会主义核心价值观，德、智、体、美、劳全面发展，能够适应国家和区域林业发展可持续化的人才需求，具备良好的人文素养、社会责任感和扎实的专业基础理论，掌握林学、生物学、植物保护学、生态学的研究方法和技能，能够在林木遗传育种和培育、森林资源经营和管理、森林资源保护与利用以及生态环境建设等领域从事生产实践、林业管理和科学研究的富有创新精神和创业能力的复合应用型高素质人才。

园林专业：立足兵团，服务新疆、面向全国，服务于区域经济建设和行业发展，培养具有坚定正确的政治方向，良好的思想道德修养，自觉践行社会主义核心价值观，德、智、体、美、劳全面发展，适应国家生态环境建设和人居环境建设需要；具有良好的科学文化素质和扎实的园林学基础。掌握本专业所要求的基本理论、基本知识和技能，了解学科前沿，具有创新意识和能力；能在园林、林业、生态环境、生态文明建设等相关领域从事科研（含科技开发与推广）、教育、管理、创业的高素质复合应用型人才。

种子科学与工程专业：立足兵团，服务新疆，面向全国，以服务国家和区域经济社会发展为导向，培养具有正确的政治方向，良好的思想道德修养，能自觉践行社会主义核心价值观，德、智、体、美、劳全面发展，适应种子产业发展需要，具有坚实的种子科学与工程领域的基础理论，掌握作物新品种选育与种子生产理论与技能，具有较强创新能力及良好科学素养，具备解决种业领域复杂应用问题的能力，能在科研院所、政府、企业等部门，从事作物新品种培育、种子生产经营与技术推广服务等工作的高素质复合应用型人才。

设施农业科学与工程专业：立足兵团，服务新疆，面向全国，以服务国家和区域经济社会发展为导向，培养具有坚定正确的政治方向，良好的思想道德修养，自觉践行社会主义核心价值观，德、智、体、美、劳全面发展，适应国家现代农业发展需要的高素质人才。使其具备良好科学文化素养和扎实的园艺学、农业工程学基础、掌握设施农业的专业知识和技能，了解学科前沿，具有创新意识和能力，能在设施农业、园艺等行业和领域从事生产管理、科研（含技术开发与推广）、教育、创业的高素质复合应用型人才。